في 14 مايو 2019 عند حوالي الساعة 12 مساءً، داهم ضباط من الشرطة بملابس مدنية منزل مصطفى ماهر وألقوا القبض عليه دون إبداء مذكرة اعتقال أو شرح للأسباب، وصادروا هاتفه وحاسوبه النقال ثم اقتادوه إلى مكان مجهول.
وفي وقت لاحق من نفس اليوم توجهت أسرته ومحاميه إلى مقر شرطة القطامية بالقاهرة الجديدة للاستفسار عن مكان وجوده، لكن الضباط أنكروا وجوده في المركز ورفضوا تسجيل بلاغ رسمي باختفاءه القسري.
شوهد مصطفى ماهر من قبل محاميه في 16 مايو بمكتب نيابة أمن الدولة، الذي أصر على دخول المكتب لمؤازرة موكله. تم استجواب ماهر عن “نيته” في التظاهر أثناء مباريات كرة القدم لكأس إفريقيا للأمم و استغلال فرصة تنظيم البطولة في البلاد لانتقاد الحكومة علنًا. أمر الادعاء باحتجازه احتياطيا لمدة 15 يومًا في القضية رقم 741 لعام 2019 بتهمة “الانضمام إلى جماعة إرهابية” و “النية في تشويه صورة الدولة خلال تنظيم كأس إفريقيا للأمم”.
أبلغ المحامي أقاربه بأن ماهر محتجز في مركز شرطة القطامية بالقاهرة الجديدة. في 16 مايو، رفض رجال شرطة القطامية بالقاهرة الجديدة السماح لعائلته برؤيته وتزويده بالطعام والملابس.
في 21 مايو، نقل ماهر إلى سجن طرة. وفي اليوم التالي، أبلغت إدارة السجن طرة أقاربه بأنه محتجز في الحبس الانفرادي، ورفضت السماح لهم بزيارته وإحضار الطعام والملابس له.