في 23 مايو 2013 ، اقتحمت مجموعة من أفراد من الشرطة وفرع الأمن السياسي السوري منزل حسام محفوظ، وقاموا بتفتيش المكان وانهالوا عليه بالضرب أمام أطفاله مما نتج عنه جرح غائر في رأسه،  ثم أخدوه إلى وجهة مجهولة. بعد حوالي شهر ونصف، استولت السلطات السورية على متجر بقالة محفوظ.

بعد مرور عام على اعتقاله، حصل محامي محفوظ على معلومات غير رسمية من فرع أمن الدولة في دمشق مفادها أن حسام محفوظ محتجز في مركز اعتقال سري وأنه اتُهم بشكل غير رسمي بتمويل ودعم ومساعدة منظمة إرهابية. في 14 يونيو 2014، شوهد حسام محفوظ آخر مرة من قبل معتقل سابق في الفرع 285 المسمى أيضا جهاز المخابرات العامة بدمشق. في عام 2018 ، وبناءً على طلب وجهته أسرته إلى المدعي العام في دمشق، أبلغتها السلطات أنها لا تتوفر على معلومات عن مصيره ومكان وجوده.