في 17 مارس 2017 داهم أفراد من المخابرات التابعة للفرقة السادسة عشرة من الجيش العراقي، يرتدون ملابس مدنية، منزل والدة سيف الإسلام الرفاعي واختطفوه. في اليوم التالي ، تم تسريب صورة الرفاعي وهو مقيد اليدين ، على وسائل التواصل الاجتماعي ، لكن تم حذفها لاحقًا.

في 1 أبريل 2017 ، شوهد الرفاعي مكبل اليدين من قبل معتقل سابق في أحد مراكز الاعتقال في محافظة نينوى. وبحسب المعتقل السابق ، كانت على الرفاعي آثار تعذيب واضحة. في الشهر التالي ، شوهد الرفاعي مرة أخرى من قبل معتقل سابق ، هذه المرة داخل سجن الفيصلية شرق الموصل.

منذ اختفائه ، حاولت عائلة الرفاعي تحديد مكانه دون جدوى. في عام 2018 ، تواصلوا مع لجنة حقوق الإنسان في البرلمان العراقي ومكاتب اللجنة الدولية للصليب الأحمر في نينوى ودهوك ، لكن دون جدوى.

في يوليو 2020 ، أخبر عضو في دائرة المخابرات في نينوى بشكل غير رسمي عائلة الرفاعي إن محكمة تحقيق نينوى قد وجهت إليه اتهامات بموجب المادة 4 من قانون مكافحة الإرهاب. ومع ذلك ، لم يتمكنوا من توكيل محام للحصول على مزيد من المعلومات لأسباب مالية.

أفادت منظمة حقوقية عن انتهاكات لحقوق الإنسان ارتكبتها الفرقة 16 في الجيش العراقي في سياق تحرير الموصل عام 2017.

في 28 أغسطس 2020 ، طلبت منّا لحقوق الإنسان والمركز العراقي لتوثيق جرائم الحرب التدخل العاجل للجنة الأمم المتحدة المعنية بحالات الاختفاء القسري.