في 8 يونيو 2006 ، كان محمد علي في طريقه إلى الجامعة المستنصرية في بغداد عندما أنزله سائق سيارة الأجرة التي كان يستقلها في محطة الباصات في منطقة الحسينية. هناك ، قام أفراد من الشرطة الاتحادية باعتقال السيد محمد علي واقتادوه إلى مكان مجهول. شهد بائع بقالة ومتسوق عملية الاعتقال وأبلغا العائلة لاحقًا.

وكان عناصر الشرطة الاتحادية ، الذين خطفوا محمد علي ، يرتدون الزي العسكري وقت القبض عليه حيث تعمل هذه القوات تحت إشراف وزارة الداخلية.

وفي اليوم التالي على اختفائه ، تقدمت عائلة محمد علي بشكوى بشأن اختطافه إلى مركز شرطة بني سعد في ديالى ، لكن دون جدوى.

في 18 سبتمبر 2020 ، طالبت منّا لحقوق الإنسان والمركز العراقي لتوثيق جرائم الحرب بتدخل الفريق العامل المعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي.