في 17 مارس 2019 في الساعة 5 مساءً، كان محمود قاسم متوجها إلى محل بقالة في ميدان الساعة في الإسكندرية عندما تم اعتقاله ونقله إلى مكان مجهول من قبل أفراد من قوات الأمن الوطني يرتدون ملابس مدنية.

بعد يومين، فتشت قوات الأمن الوطني شقته وصادرت حاسوبه وهاتفه النقالين. ثم ألقوا القبض على مالك الشقة، لكنهم أطلقوا سراحه بعد خمسة أيام.

في 23 مارس، قدمت أسرة محمود قاسم شكاوى إلى النائب العام ومجلس الوزراء ووزارة الداخلية للاستفسار عن مصيره ومكان وجوده. في 11 أبريل ، قدموا شكاوى أخرى إلى مدير الأمن الوطني والمدعي العام.

بعد أسبوعين من الاعتقال، أبلغ سجين سابق في سجن طرة عائلة محمود قاسم بشكل غير رسمي بأنه سمع أحد حراس السجن في القسم الشديد الحراسة ينطق اسمه.

في 18 سبتمبر 2019 قُتل قاسم على أيدي قوات الأمن الوطني، وتعتقد عائلته أنه أعدم تعسفيا. بعد أن تعرفت عليه الأسرة رسمياً، وتشريحه من قبل السلطات، سلمت جثة محمود قاسم إلى ذويه في 12 نوفمبر 2019، ودُفن في اليوم نفسه.