في 6 يوليو 2020 ، دخلت مجموعة من أفراد قوات أمن الدولة منزل أحمد أيوب وألقت القبض عليه. كان على الهاتف مع صديق عندما طرقت قوات الأمن على الباب ، تمكن أيوب من إخبار صديقه لتحذير والديه من أنه سيتم القبض عليه من قبل جهاز مباحث أمن الدولة ، الذين كانوا يرتدون ملابس مدنية. انقطع الاتصال أثناء الاعتقال. بعد فترة وجيزة ، جاءت والدته إلى المنزل ووجدت أنها المنزل قد فتش وتمت مصادرة كمبيوترين محمولين. بعد أيام قليلة ، قدمت عائلة أيوب شكوى إلى النائب العام ، ولكن دون جدوى. العائلة قلقة بشكل خاص بشأن صحته لأن أيوب يعاني من نقص في خلايا الدم البيضاء. قبل شهرين من اختفائه ، أجرى جراحة الفتق الثانية. ونتيجة لذلك ، يفقد وعيه غالبًا بسبب شدة نقص دم في الجسم ويحتاج إلى رعاية طبية.

في 15 يوليو 2020 ، طلبت منّا لحقوق الإنسان التدخل العاجل لفريق العامل الأممي المعني بالاختفاء القسري أو غير الطوعي ، وحث السلطات المصرية على اتخاذ إجراءات عاجلة لتحديد مكانه ، ووضعه تحت حماية القانون ، وتحديد الجناة.

ظل مصير ومكان وجود أيوب مجهولين حتى 18 أغسطس 2020 ، عندما مثل أمام نيابة أمن الدولة في القاهرة.