في 16 يونيو 2014 ، عند حدود الساعة 1 بعد الظهر ، حاصر مابين ثمانية وتسعة أفراد من ميليشيات حزب الله والقوات العسكرية جاؤوا على متن سيارات هامر وسيلفرادو إلى منزل الجنابي في المسيب، في محافظة بابل. كان بعضهم بملابس عسكرية ، بينما البعض الآخر في ملابس مدنية. قبضوا على الجنابي دون إظهار مذكرة أو شرح للآسباب ثم انطلقوا به نحو جرف الصخر – وهي منطقة كانت تحت سيطرة ميليشيات حزب الله في ذلك الوقت.
وقيل آنذاك لعائلة الجنابي بأنه سيُفرج عنه بعد الاستجواب ، لكنه لم يظهر من جديد.
في الأسبوع الذي أعقب القبض على الجنابي، استفسرت عائلته عن مصيره ومكان وجوده في مركز شرطة الحامية والمحكمة الجنائية المركزية ووزارة الداخلية وسجن مطار بغداد ، ولكن دون جدوى.
