في 2 يونيو 2014، اقتحم خمسة جنود من الجيش العراقي منزل حسن الجنابي. ولما يجدوه، سألوا عنه زوجته، فأجابت بأنه في مزرعة العائلة خلف المنزل. فذهب الجنود إليه وقبضوا عليه وقاموا بتعصيبه وتقييده بالأصفاد. عندما سألت زوجته عن سبب اعتقالهم له ، أخبروها بأنهم سيحققون معه وأنهم بحاجة لرؤية بطاقة هويته. عندما عادت زوجته ووالدته مع بالبطاقة، كان الجنود قد غادروا المكان مصطحبينهم معهم إلى جهة مجهولة. في وقت لاحق من ذلك المساء ، ألقت نفس الوحدة العسكرية القبض على شخصين آخرين من عائلة الجنابي.

يوم اختفاء الجنابي، قامت أقاربه بزيارة عدة نقاط تفتيش في المنطقة المحيطة للاستفسار عن مصيره ومكان وجوده، لكن الجنود اخبروهم نفوا توفرهم عن أي معلومات بشأنه. بعد أسبوع على اختفائه ، تقدموا بشكوى إلى مركز شرطة المسيب والمحكمة الجنائية المركزية. في 12 يونيو 2014 ، زاروا مطار المثنى وسجن الناصرية، ولكن دون جدوى. ولا يزال مصير الجنابي ومكان وجوده مجهولين حتى الآن.