في  1 نوفمبر 2018، في حدود الساعة 2 ليلا، اقتحمت قوات أمن الدولة منزل سحر حتحوت في القاهرة وألقت القبض عليها دون أمر اعتقال، وأخذتها إلى مكان مجهول لتنقطع أخبارها منذ ذلك الحين.

يدخل احتجاز سحر حتحوت في إطار موجة الاعتقالات الجماعية التي وقعت أواخر أكتوبر 2018، واستهدفت ما لا يقل عن 40 من محاميي ونشطاء حقوق الإنسان.

في 9 نوفمبر 2019، وجه الفريق الأممي المعني بحالات الاختفاء القسري أو غير الطوعي مذكرة إلى السلطات المصرية مطالبا إياها بتوضيح مصير سحر حتحوت ومكان وجودها. ردت السلطات المصرية في مارس 2019 نافية اعتقالها. والواقع أنها قد أفرجت عنها.