في 17 يناير 2019 ، كان بابكر سلامة يقدم المساعدة الطبية للمتظاهرين الجرحى داخل منزل يقع بالقرب من مظاهرة سلمية في حي بري بالخرطوم.
وبسبب بعض الإصابات البليغة التي كان يعالجها، قرر بابكر عبد الحميد سلامة الخروج من المنزل ويداه مرفوعتان فوق رأسه ليطلب من أفراد جهاز الأمن والمخابرات السماح له بنقل المتظاهرين المصابين إلى أقرب مستشفى. وعندما سأله الضباط إن كان هو الطبيب الذي يعالج المحتجين المصابين، رد بابكر عبد الحميد سلامة بالإيجاب، عند ذلك أطلق عليه أفراد جهاز الأمن والمخابرات النار.
نقل سلامة على وجه السرعة إلى مستشفى رويال كير الدولي، حيث وصل بالفعل فاقد الوعي وتوفي في الساعة 6:30 مساءً. نفس اليوم.
تم إجراء تشريح للجثة، وتم الإعلان عن تقرير الطب الشرعي خلال مؤتمر صحفي. بيد أن السلطات ترفض الطلبات االمتكررة لأسرة سلامة للحصول على نسخة من التقرير. وحتى الآن لم يتم فتح تحقيق في جريمة القتل.
تدخل وفاة بابكر عبد الحميد سلامة في سياق حملة القمع العنيفة التي تمارسها السلطات في مواجهة الاحتجاجات الشعبية التي اندلعت في كل أنحاء السودان منذ منتصف ديسمبر 2018.